Selección in vitro de ADN funcional hacia patógenos y proteínas de relevancia biológica

Se define como ADN funcional, a secuencia simple cadena cortas, típicamente entre 30-80 nucleótidos, que pueden adquirir una estructura 3D para cumplir su función. En el caso de los aptámeros, al adquirir esta conformación pueden unirse con gran afinidad y selectividad a la molécula blanco (target). Las constantes de afinidad de estos aptámeros hacia el analito de interés son comparables a la de los anticuerpos. En el caso de las DNAzimas, estas catalizan una reacción en presencia del target. En este plan de trabajo, nos centraremos en aquellas que cortan una cadena de RNA o un ribonucleótido como parte de una cadena de ADN. En el laboratoro, obtenemos ADN funcional por una técnica conocida como selección in vitro, donde se parte de una librería de 1014-1015 secuencias, y después de varias rondas de incubación con el target, separación de las secuencias que muestran mayor afinidad y amplificación de estas, se obtiene la secuencia “ganadora”. De esta manera, las secuencias de ADN funcional presentan grandes ventajas: se pueden obtener por un método in vitro, son fácilmente modificables en distintas posiciones y con gran precisión, y son muchos más estables y fáciles de obtener que los anticuerpos/enzimas. Hemos obtenido aptámeros muy específicos a distintos virus, con la habilidad de diferenciar entre distintos estados infecciosos del virus (Adenovirus humano, SARS-CoV-2) y bacterias (Legionella pneumophila)

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